МГК создан по принципам гомеопатии и поэтому является уникальным в мировом масштабе по своей ориентации и поставленным целям. С.Ганеман, основатель гомеопатии, сформулировал ряд опытно обоснованных принципов, которые являются фундаментальными для гомеопатии:

• назначение только тех лекарств, которые были проверены на здоровых субъектах (классическая теория медицины).

• критерии для распознавания симптомов болезни (патологические симптомы, которые воспринимаются органами чувств  т.д.);

• применение принципов подобия через соответствие лекарств, которые создают симптомы и другие состояния у здоровых людей, с симптомами больного человека, пациента;

• подходящая, соответствующая доза лекарств;

• устранение препятствий к излечению.

Если эти условия учитываются, то можно быть уверенным в эффективности лечения.

Эти тщательно испытанные гипотезы основаны исключительно на наблюдениях и должны различаться от теоретических разработок и выводов гомеопата по поводу природы болезни, миазмов или механизмов работы (действия) аллопатических и гомеопатических лекарств. Принципы гомеопатии основаны исключительно на законах, которым надо следовать, применяя гомеопатию на практике.
В течение своей жизни Ганеман улучшал и испытывал методику своего медицинского подхода, но никогда не пересматривал основные принципы, которые он сам однажды развил из своего опыта. Они сохраняют свою ценность, несмотря на время, являясь великой силой гомеопатии, так как они не опровергаются новыми медицинскими открытиями или гипотезами.
200 лет назад впервые в истории медицины научная лекарственная терапия была создана на основе этих бесхитростных принципов и была с тех пор многократно испытана и подтверждена врачами по всему миру. Известные эксперты гомеопатии, такие, как Беннингаузен, ЛиПпе, Кент единодушно признали, что их внушительные успехи полностью охватываются этими принципами. Они так же, как и Ганеман, в течение своей жизни продолжали оптимизировать и усовершенствовать методику гомеопатии.